系统论认为，整体性、关联性、等级结构性、动态平衡性、时序性等是所有系统的共同的基本特征。这些，既是系统所具有的基本思想观点，而且它也是系统方法的基本原则，表现了系统论不仅是反映客观规律的科学理论，具有科学方法论的含义，这正是系统论这门科学的特点。
系统论在奇门遁甲中的运用就是事物在时间、空间和数理中的运行规律，更是奇门六十四个用神整体代表意义在预测中灵活的运转，而最为关键的是以六十四个用神为世间万物的代表，赋予各自的性质，运用时空数理的分析方法进行预测，简单说奇门遁甲就是符号系统论。
奇门是古人智慧的结晶，而系统论是是研究系统的一般模式、结构和规律的学问，它研究各种系统的共同特征，用数学方法定量地描述其功能，寻求并确立适用于一切系统的原理、原则和数学模型，是具有逻辑和数学性质的一门科学。当深入研究后发现，系统论在奇门中已经深入运用，并且展现的淋漓尽致。
奇门遁甲传说产生于黄帝时代，它是一个时空数理模型，仔细研究一下它的构成，不难看出它就是一个系统论的模型，奇门遁甲模型把一个物体或事物分为九宫，看成是一个整体或全局，九个宫每一个宫又可为单元或局部，而每一个宫内的符号又为元素或因子。按照事物的规律“一事物与他事物有着必然的内在联系”，奇门遁甲中每一个符号可能都发挥着作用，只是我们还没认识到罢了。前几年，有人就说奇门遁甲“单盘占”，其实单盘占只是奇门研究的初级阶段。
比如：房地产开发要了解的因素很多，像开发此地块盈利吗?手续能办下来吗?上级什么态度?直接办事人员什么态度?被开发土地的人员什么态度?开发商有资金吗?要投入多少资金?盈利是多少?被开发的土地环境好不好?等等条件(可参看《周易与三十六计》一书中第七计无中生有计)。又比如：某人想进步，这要看此人日干与年命旺不旺?太岁生不生求测人的年命?此人干的工作好不好?能力强不强?是集权式管理者还是民主式管理者?适合不适合当领导?同事态度如何?群众态度如何?时干与日干相生否?能否提拔?何时提拔?等等。
一定的时间必然反映一定的事物规律，但有人不这么看，我认为：要想知道梨子的味道，必须亲口尝一尝。世界是浩瀚的，人类对世界的认识是渺小的，我们不能把人类还没认识的事物看成是迷信的，这种认识是错误的。奇门遁甲存在了两千多年，古代圣贤多有应用奇门而大成者，如诸葛亮、李靖、刘伯温等等，他们虽为古人，但其远见卓识远非一般人能比，他们尚不认为这是错误的东西，当今很多人鲜有接触，仅凭着想象断定其为封建迷信，我认为是否有些不妥?我通过近20年的亲身实践还没发现这个模型有哪点是迷信，倒是觉得与现代的系统论非常相似。有兴趣者可以自己先研究研究，也许我判断是错误的。
